Por orden del visitador José de Gálvez en 1798 se inició la construcción de un edificio de arquitectura neoclásica cuya conclusión tuvo lugar en 1824, como asiento de la Casa Real, hoy Palacio de Gobierno. Fue residencia del Intendente de San Luis Potosí, así como del brigadier Félix María Calleja del Rey y de Agustín de Iturbide. En la época del México independiente en este recinto se hospedaron los presidentes Antonio López de Santa Anna, en 1823, y Benito Juárez, en 1863 y 1867 quien lo declaró Palacio Nacional y a San Luis Potosí capital de la República durante la intervención francesa.
Plano de la Ciudad de San Luis Potosí de 1898, levantado por el ingeniero Ignacio Maldonado.
A finales del siglo XIX la ciudad de San Luis Potosí, tuvo un crecimiento importante contaba con industrias de gran escala como la Compañía Metalúrgica Mexicana, establecida en 1892, primera fundidora de plomo y cobre del país. La llegada de esta industria, generó el crecimiento urbano y conectó el Centro Histórico de San Luis Potosí, con la fracción de Morales por medio de la Avenida Carlos Díaz Gutiérrez, hoy Carranza.
Para el año de 1898 la ciudad ya contaba con el Teatro de la Paz, inaugurado en 1894, y la etapa final de la construcción de la Penitenciaria de San Luis Potosí.
Durante la Intervención Francesa, el presidente Benito Juárez decidió salir de la capital y trasladar los poderes de la República a la ciudad de San Luis Potosí, lugar en el que estuvo hasta diciembre de 1863. En San Luis Potosí tuvo el apoyo de los principales liberales encabezados por Ponciano y Benigno Arriaga. No obstante, ante el arribo de los franceses a la capital potosina, Juárez salió rumbo al norte, y la defensa de la capital quedó a cargo del general Miguel Negrete y Francisco Alcalde. Tomas Mejía con mayor experiencia y estrategia militar ganó la batalla, quedando San Luis como victoria del imperio. Durante la Intervención Francesa San Luis fue convertido en Departamento, la ciudad estuvo en poder de los Imperialistas de hasta fines de 1866. En ese año fue inaugurada la línea telegráfica entre San Luis Potosí y la ciudad de México.